“十一五”期间，南科院政府采购金额达4.4007亿元，其中：协议供货1535次，金额达1898万元；公开招标53次，金额达2.2275亿元；邀请招标103次，金额达1.0753亿元；竞争性谈判108次，金额达9081万元。全面完成了政府采购任务。
高度重视，精心组织。南科院一贯高度重视政府采购工作，于2004年就成立了以单位一把手为组长的政府采购工作领导小组和工作组。通过多种方式认真组织学习、深刻领会有关法律、法规的精神实质，加强对政府采购法律法规的宣传和执行的培训，增强科研人员的政府采购意识，提高依法做好政府采购工作能力。
完善制度，加大贯彻落实力度。根据《中华人民共和国政府采购法》《中华人民共和国招标投标法》《水利部直属预算单位政府采购管理实施办法》等法规，先后制定了《南科院修缮和基础设施改造项目管理办法》《南科院基本建设项目管理办法》《南科院政府采购实施细则》等。通过各项制度的完善和落实，有效地规范了政府采购的范围和流程，明确了相关部门的工作职责，对提高整体服务水平和规范采购工作起到了明显的促进作用。
扩大范围，坚持应采尽采。除严格按照政府采购规定执行外，还针对科研单位的特点，对采购目录以外、财政资金以外和限额标准以下，分散、量大、具有同性质的科研仪器设备和大宗材料也严格按照政府采购的要求执行，采购的设备物资通过设备材料采购流程审批后，在财务资产处的指导和审计监察部门监督下，由服务中心组织采购和验收，在提高采购操作的透明度同时，有效防范暗箱或违规操作，并提高经济效益和服务质量。
创新方式，加强采购科学化、精细化管理。政府采购工作具有政策性强、工作量大、流程复杂、跨度时间长等特点，一笔政府采购业务需要经过部门预算报送及批复、政府采购计划报送、标书编写及政府采购实施、政府采购执行情况报送、政府采购资料归档备案等，有的还需要经过进口设备或政府采购方式变更申请及批复，时间跨度一般在半年以上。南科院通过多年来的摸索和总结，基本上实现了政府采购科学化、精细化管理，增强了采购信息透明度，提高了采购效率，降低了采购成本，规范了采购行为。
预算约束，强化采购事前控制。在编制科研项目预算书时，即明确项目所需采购仪器设备的种类与数量。在对预算进行审核时，重点关注采购项目是否存在漏报、采购项目是否具体明确、采购预算的价格是否合理、询价依据是否充分、是否为必须采购项目以及是否存在人为拆分采购项目等问题。
政府采购执行部门依据采购预算办理政府采购事项，并将预算的编制与执行职能分离。对于科研项目的经费申请书，严格审批制度，细化课题经费申请的依据，这些措施为有效施行政府采购预算制度创造了条件。
严格规范，科学采购进口产品。在采购招标前期进行充分的市场调研，结合采购项目的特点，详细了解满足自身技术需要的主要仪器设备的情况，绝不一味求新求贵。国产仪器设备相比较进口产品，具有明显的价格优势。对于技术要求不高，起基础辅助作用，或国产仪器设备完全能满足实验需要的仪器设备，坚持采购国产产品；对确实需要采购进口产品的，按照规定，严格执行用户申请、专家论证、报部审批的采购程序。
资源共享，避免重复采购。加强资产管理，实现资源共享，避免仪器采购的重复性。对资产采购进行分类统计、汇总，定期对资产盘点进行核查，与资产管理部门保持信息畅通，进行有效衔接。对于已有或闲置的仪器设备坚决不予采购。做好资产在单位内部的有效共享，对已有的、其拥有部门已不再需要使用的仪器设备优先转让给单位内部其他需要采购同类设备的部门，从而进一步提高科研仪器设备的使用效率。
分工协作，共同推进政府采购工作。通过不断摸索和总结，业务人员政府采购观念得以转变，目前已基本形成了财务部门总牵头、有关部门齐抓共管的工作机制。中央修缮购置项目设备类由各业务部门协同科研处和服务中心负责，中央修缮其他类项目由院办房产部门协同服务中心和相关业务部门负责，小型基建类项目由院办基建部门负责，审计监察部门负责过程监督。财务部门主要是加强计划管理和业务指导，相关牵头部门强化督促督办和过程控制，业务部门密切配合协作，全力抓好落实，形成了综合部门牵头抓，业务部门具体抓的良好工作格局。